重点学科
国家级重点学科：眼科，耳鼻喉科
卫生部重点实验室：听觉医学重点实验室、近视眼重点实验室
上海市重点学科：头颈外科
上海市医学临床中心：上海市听觉临床医学中心
特色科室
眼科
该院眼科是我国重要的眼科医教研基地之一，是卫生部近视眼重点实验室和上海市眼科临床质量控制中心的依托单位，也是国内较早开展复杂性视网膜玻璃体手术，准分子激光手术，复杂性青光眼手术、成分角膜移植手术的医院之一，并在国内最早创立“青光眼患者俱乐部”，建立医患互动平台。该科下设玻璃体视网膜疾病学科、视光学与斜弱视学科、青光眼与视神经疾病学科，白内障与晶状体疾病学科，眼表疾病学科、眼肿瘤和眼眶病，共6个3级学科，并拥有各种先进的诊治设备，对各类眼病的诊治具有丰富经验。
耳鼻喉科
该院耳鼻喉科是卫生部听觉医学重点实验室和专科医师培训基地，是国内首创多道程控式人工耳蜗的单位，是国内最早开展喉癌手术的单位之一，也是国内最大的鼻病诊治中心。该科下设听觉言语疾病学科、耳神经颅底外科、头颈外科、鼻科及中西医结合鼻病中心、咽喉及小儿耳鼻喉科，共5个3级学科。诊疗范围包括耳聋，眩晕，周围性面瘫，听神经瘤及侧颅底肿瘤，耳，鼻、咽，喉、头颈等部位的良恶性肿瘤，鼻窦炎，鼻眼相关疾病，嗓音异常疾病，睡眠呼吸疾病，以及各种小儿气道疑难疾病、小儿中耳与外耳畸形等。
特色医疗
光动力疗法(PDT)治疗黄斑出血
黄斑位于眼视网膜的中央，是视觉最敏锐的部位。黄斑一旦受损，视力将受到严重损害。黄斑变性可分为非新生血管性(如年龄相关性黄斑变性)和新生血管性两种，后者可造成黄斑反复出血、瘢痕，使患者最终丧失视力。以往用于治疗新生血管性黄斑变性的方法是眼底热激光，但它在破坏脉络膜新生血管的同时，也破坏正常视网膜组织，治疗后不可避免地会造成视力下降。近年来，该院眼科运用新的激光技术——光动力疗法，采用特殊光激活药物(维速达尔)，配合冷激光照射，通过光化学反应破坏异常的新生血管。该方法对正常的视网膜神经上皮组织没有损伤，大部分患者的术后视力保持稳定。
人工耳蜗植入治疗先天性耳聋
先天性聋哑的原因是耳蜗的听觉细胞未发育，患儿听不见声音，学不会讲话。人工耳蜗是将一个带有言语处理功能的芯片植入头皮下，一个带有多个导联的电极植入耳蜗内，使患儿获得听觉。该院王正敏院士和迟放鲁教授每年为近200名患儿植入人工耳蜗。经过两年的言语训练，80％以上的患儿可以进入正常幼儿园及小学。
调强适形放疗(IMRT)治疗头颈部肿瘤
约70％的头颈部恶性肿瘤需要放射治疗的介入，某些头颈部肿瘤更是以放射治疗为首选治疗方法(如鼻咽癌)。但放射治疗有许多后遗症，如口干、龋齿、听力下降等，目前尚无有效的治疗方法，严重影响患者的生活质量。近年来，该院放疗科开展“调强适形放疗”新技术治疗头颈部肿瘤，取得较好疗效。该技术在增加肿瘤靶区照射剂量，提高疗效的同时，限制了其他正常组织的照射剂量，保护腮腺、耳部听觉器官，视神经等重要组织和器官，使治疗后口干、听觉减退等副作用的发生率明显降低，大大提高患者的生活质量。
